故事中，有一棵具有神奇力量的樹，只要向它祈念，就可以實現心願——這樣充滿不可思議的設定，在作家東野圭吾筆下與複雜的人性交錯，編織出《祈念之樹》這樣一個滿是謎題的精采故事。一開始，問題青年玲斗被未曾謀面的親戚找去管理神木。一般人不會相信對著大樹許願能夠實現，最多是心理安慰作用，玲斗也認為是無稽之談，直到他開始協助調查「祈念」的內容，許多難以置信的狀況讓玲斗漸漸相信「祈念」，同時更理解了自己身負的責任……
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噹噹噹噹。老舊的鈴發出的沉悶鈴聲傳來。玲斗暫停了正在玩的手機遊戲，視線移向智慧型手機液晶螢幕角落。晚上十點零五分剛過。
他結束遊戲，把手機塞進工作服內側，緩緩轉動了脖子，脖子發出了喀喀的清脆聲音。因為閒著沒事，所以原本打算小玩一下，沒想到竟然埋頭玩了超過二十分鐘。遊戲真是太可怕了。
他站了起來，微微掀起旁邊窗戶拉起的窗簾，從縫隙中向外張望，發現一個身穿運動夾克，體格壯碩的男人孤伶伶地站在燈光昏暗的石燈籠旁。他一頭短髮，長相看起來有點嚴肅，年紀大約五十五、六歲。
玲斗在玄關的脫鞋處穿上球鞋，拎著事先準備的小紙袋打開拉門，走出社務所。 站在外面的男人一看到玲斗，露出了驚訝的表情。
「請問是佐治壽明先生嗎？」玲斗問。
「是啊……」
玲斗鞠了一躬，「你好，我正在恭候大駕。」
佐治露出好像在掂量的眼神看著玲斗問：「你是新來的？」
「對，我姓直井，從這個月開始守護樟樹，請多指教。」
「我聽柳澤女士提過，聽說你是她的親戚？」
「我是她的外甥。」
「原來是這樣，呃，可以再請教一下你的名字嗎？」
「我姓直井，叫直井玲斗。」
「原來是直井，我會記住。」
佐治注視著玲斗的臉上露出了好奇的表情，似乎很想知道一個好端端的年輕人為什麼會做這種工作。玲斗覺得告訴他也無妨，只不過說來話長。
「佐治先生，」玲斗神態自若地開了口，遞上了紙袋，「這是蠟燭，可以用兩個小時，這樣可以嗎？」
「嗯，我差不多十二點結束，和平時一樣。」
「你有火柴嗎？」
「謝謝，我自己帶了。」
「那就請你小心火燭。」
「我知道，你們每次都會提醒。」
「不好意思，那就請你小心慢走，衷心期望樟樹可以接收到你的心願。」起初常覺得舌頭會打結的這番說詞，現在終於可以說得很流利了。
「謝謝。」
佐治打開了手上的手電筒開關，轉身慢慢走向神社院落右側角落的樹林。這裡光線太暗，所以看不到，只要稍微往前走幾步，就可以看到那裡立著『樟樹祈念口』的牌子，牌子後方是兩側被樹木包圍的小徑。
玲斗回到社務所，拿了手電筒，拎起靠在牆邊的鐵管椅，再度走了出去。
他把椅子放在入口前坐下來時，有什麼東西在視野角落一晃而過。他驚訝地看向那個方向，發現有個什麼灰色的東西在院落角落的樹叢內移動。不是野貓之類，而是體積更大的東西，顯然是人影。人影隨著閃爍的光一起移動，可能借助筆燈之類的燈光照亮腳下的路。這麼晚了，會有誰來這裡？不可能是小偷。因為這裡完全沒有任何值錢的東西，雖然稱為神社，但只是虛有其名，連功德箱都沒有。
玲斗沒有打開手電筒，躡手躡腳走了過去。
人影在佐治的身影消失的地方，也就是樟樹祈念口的位置停了下來，探頭向內張望。穿著淺色連帽衫的背影很瘦小，完全沒有對身後產生警戒。
「請問有什麼事嗎？」玲斗問道，然後打開了手電筒。
瘦小的人影倒吸一口氣，身體抖了一下向後仰。
當人影戰戰兢兢轉過頭時，玲斗發現原來是一個年輕女人。她的臉很小，但瞪大的眼睛令人印象深刻。她似乎覺得手電筒的燈光很刺眼，用手遮住了臉。
「妳是誰？」玲斗把手電筒微微朝下，「在那裡幹什麼？」
年輕女人輕輕吸了一口氣，似乎想要說什麼，但什麼都沒有說。
「妳是佐治先生的朋友嗎？」玲斗繼續追問。
女人站在那裡一動也不動，身體好像僵住了。
「這麼晚了，不可以擅自進去裡面。如果要祈念，必須事先預約——」
玲斗說到這裡，那個年輕女人什麼都沒說，小跑著逃走了。手機的光照著她的腳下，她似乎用來代替手電筒。
雖然她很可疑，但玲斗覺得沒必要追上去質問，更何況對方是年輕女人，萬一大吵大鬧就麻煩了。
玲斗回到原來的位置，重新坐回椅子。他從懷裡拿出手機，開始看一部科幻電影。他不時抬頭環視四周，但並沒有發現其他可疑人物的動靜。剛才那個年輕女人似乎離開了。
即將半夜十二點時，佐治壽明從樹叢後方走了出來。玲斗起身走向他。
「我結束了。」佐治對他說。
「辛苦了。」
「我也預約了明天，到時候再拜託了。」
「好，恭候光臨。回家的路上請小心。」
玲斗猶豫著要不要把剛才那個年輕女人的事告訴他，但最後還是沒說。
「晚安。」佐治打了招呼後離開了。
玲斗用手電筒照著腳下，從樟樹祈念口走向深處。因為兩側都是樹木，所以小徑很狹窄，只能勉強讓兩個人擦身而過。
穿越樹林後，視野立刻變得開闊。前方有一個巨大的怪物。
那是一棵樟樹。這棵直徑足足有五公尺的巨樹高度超過二十公尺，好幾根粗大的樹枝扭曲著向上延伸的樣子，就像大蛇纏在一起。第一次看到時完全被震懾，說不出一句話。
深深在地底扎根的樹根十分粗大，複雜地彎曲起伏。他小心翼翼沿著樹幹繞向左側，以免被樹根絆倒。
大樹側面有一個巨大的洞，大人只要稍微低頭，就可以輕鬆走進去。玲斗小心謹慎地走了進去，樹幹內側是像空洞般的空間，大小差不多有一坪多。
樹壁有一部分凹下，形成寬度大約有五十公分左右的架子。那應該不是自然形成，而是人工的，但並不知道是誰挖的。
架子上放著燭台。佐治來之前，玲斗把燭台放在這裡。燭台上的蠟燭只剩下一公分左右，燭火已經吹熄。
燭台前放了一個寫著「蠟燭費」的白色信封。玲斗打開一看，發現裡面有一張一萬圓的紙鈔。他很驚訝竟然有人願意為這種事花一萬圓，不知是否意味著這件事真有這樣的價值。他再度體會到，每個人的價值觀各不相同。
他把信封放進懷裡，拿起燭台，確認周圍沒有異狀後走了出去。他不經意地抬頭看向天空，發現一輪圓月掛在天上，比昨天晚上更接近完美的圓形，明天就是滿月的日子。
回到社務所收拾了一下，告一段落後，他看向小冰箱，最後還是忍住沒把冰箱裡的罐裝氣泡燒酒拿出來。因為明天還要早起。
他在房間的小流理台前刷了牙、洗了臉，關燈後鑽進了被子。漫長的一天終於結束了。只要閉上眼睛，應該馬上可以入睡。
漸漸模糊的思考中，浮現了一個單純的疑問。這一切真的是現實嗎？明天早晨醒來，會不會發現自己睡在另一個地方？因為短短一個月前，他在一個和這裡完全不同的地方。那地方比這裡睡得更不舒服。這也是理所當然，因為他被羈押在警局的拘留所。（文未完）
